No he probado lo del poner rutas relativas a la clase fpdf
Este código funciona perfectamente y solo no tiene una ruta relativa con respecto al tuyo (además de un cuarto parámetro

):
Código:
<!--#include file="fpdf.asp"-->
<%
Set pdf=CreateJsObject("FPDF")
pdf.CreatePDF()
pdf.SetPath("fpdf/")
pdf.SetFont "Arial","",16
pdf.Open()
for i=1 to 299
if i=1 or i=100 or i=200 Then pdf.AddPage() End if
pdf.Image "borrador.JPG",60,80,90,80
next
pdf.Close()
pdf.Output()
%>
Pruébalo