No, que yo sepa phpThumb no separa gifs animados, eso lo tienes que hacer con otra clase, por eso mi opinion de ir a phpclasses.org, ya que ahi he visto clases que hacen esto, separar y armar un gif en frames.
ImageMagick es un paquete disponible para Windows/*nix, que su tarea es tratar y convertir imagenes. En Google puedes encontrar más información al respecto.
Saludos
