Claro, en un iframe se puede usar el evento onload del body, solo implementalo como lo harías en cualquier página común. Más bien lo que te aconsejaría es implementarlo de este modo:
Código PHP:
$sql = "..";
$rst = mysql_query($sql);
if ($rst) {
.....
.....
echo "<script language=\"JavaScript\">";
echo "accion();";
echo "</script>";
}
Obviamente accion() es la función JavaScript que deseas ejecutar cuando se ejecute la consulta. Espero que te sirva.