ambas...
osea, hazlo en un index ... pero las secciones cárgalas desde includes
mientras mas separados tengas tus archivos... es mas rápido detectar algún problema...
si tienes un solo archivo, con miles de lineas... pues, ¿si entiendes??
como recomendación, separa la lógica de la presentación...
ejemplo Código PHP:
if (isset($_POST['eliminar']))
{
include 'accion_eliminar_algo.php';
}
include 'form_eliminar_algo.php';