Pues como te dijo pateketrueke, son trucos chinos, tus soluciones quedan limitadas a:
- Encryptar y Obfuscar el código fuente usando una extensión como Zend Guard (con este puedes forzar el uso de licencias p/e).
- Hacer que el proceso critico este en tu server y entrar con un Web Service y procesar en tu server.
- Licencias y registrar tu propiedad intelectual.
Saludos