Prueba esto (los cambios están en rojo):
 
Código:
 Sub asistencia()
For i = 1 To 500
    For j = 1 To 256
    If Cells(i, j) = "F" Then
        Cells(i, j).Interior.ColorIndex = 3
    End If
    Next j
Next i
End Sub
  En versiones anteriores a excel 2007, el número máximo de columnas es 256. Si tienes excel 2007, puedes poner 500. 
Salu2