estructura de sitio web usando MVC en PHP

[acholaco]

Hola a todos:

La cuestión es la siguiente. Desde hace tiempo vengo programando distintos sitios web en PHP sobre bases de datos en MySQL. También programo cosillas con JavaScript y con Ajax y uso CSS y demás cosillas típicas como todos vosotros.
El caso es que veo que mi forma de programar se ha quedado obsoleta, ya que yo suelo programar las cosas creando archivos que incluyen functions que luego yo incluyo(include) en algunas páginas desde las que voy a llamar a esas funciones en determinados momentos. Muchas de esas funciones crean código HTML por medio de echos con PHP. Algo que está completamente obsoleto y me doy cuenta de que es un error y un coñazo tener que hacer así las páginas.
El caso es que voy a intentar programar mis sitio siguiendo el patrón MVC sin usar ningun frameWork específico, sino creando las cosas que yo quiera y que yo necesite con mi propio código.
Mi mayor problema que me está surgiendo en relación a este aspecto es el cómo tengo que tener estructurado el sitio, es decir, yo antes mi sitio quedaba de esta forma, distribuido en diferentes carpetas, por ejemplo:

nombre_De_mi_sitio:
////carpeta_imagenes (las imágenes de la web) :?
////carpeta includes (donde meto las funciones) (y esta carpeta está dividida en):
//javascript (donde meto los archivos de funciones de javascript que luego incluyo en las páginas)
// CSS (los estilos de las páginas que incluyo en las páginas también)
//func_logicas (donde se encuentran aquí los archivos con las distintas funciones, por ejemplo:
-archivo_func_noticias.php
- archivo_func_registro_usuarios.php
- etc....

Mi pregunta es cómo se estrucutra un sitio web basado en el modelo MVC.

Espero que me hayan comprendido...
Un saludo.