Primero: te recomiendo
no usar frames en el diseño de una página web. Esto es pésimo para la navegación.
El problema que tienes aquí no tiene nada que ver con PHP, sino con es puramente HTML/JavaScript.
Realmente no entiendo que hace la funcion "SwapDiv", pero tal vez lo que necesitas es simplemente un:
Código:
<a href="url" target="principal" >Título</a>
Con esto lograrás que cuando hagan clic en el enlace, la URL se habra en el frame con el nombre " principal".