Tu bronca no es de JavaScript, sino de HTML y PHP...
Al generar el formulario prueba esto:
Código PHP:
$i=0;
while ($row = mysql_fetch_array($resultado)){
echo "<input type=\"checkbox\" name=\"seleccion[".$i."]\" value=\"".$row['id']."\">".$row['nombre']."<br>";
$i++;
}
Y para tomar los datos:
Código PHP:
$dato=$_POST['seleccion'][$i];