Según youtube , el formato swf es aceptado por youtube. Probá convirtiendo el video a un formato distinto.
En la página de asistencia de youtube, indican que el mejor formato para su sitio, es el MPEG4 (Divx, Xvid, SVQ3) en 640x480, con audio en MP3.
http://www.google.com/support/youtub...28&ctx=sibling