Lo que pasa es que son cosas diferentes, header Location hace una redirección HTTP a otra URL, si tu rediriges pues ya hasta ahí queda el control de tu script y pasa a la otra URL.
Si haces include() pues PHP incluye el contenido de ese archivo donde realizaste el include, por lo que si ves son cosas totalmente diferentes.
Mi comentario va a que por ejemplo si usas ruteo con MVC, pues siempre pasa eso de las rutas al tener /pagina/blog/junio/12/11/2003/como-rutear.html pierdes la ruta a donde estan los files, por eso si usas rutas absolutas pues te evitas ese problema.
Saludos
