En MSSQL no lo usé, pero en debería funcionarte lo siguiente:
En un include setea ambas conexiones, luego podrías teóricamente hacer:
Código PHP:
include("conexion.php");
mysql_select("select * from basededatos1.tabla1);
mysql_select("select * from basededatos2.tabla2);
mysql_select("select tbl1.campo1, tbl2.campo2 from basededatos1.tabla1 tbl1 inner join basededatos2.tabla2 tbl2 on tbl2.campo2 = tbl1.campo1);
Yo lo he usado así sin ningún problema...es más, si pasas la referencia de un $conn a mysql, no es necesario especificar la dbname en el query esa para esa consulta, ej:
Código PHP:
include("conexion.php");
mysql_select("select tbl1.campo1, tbl2.campo2 from tabla1 tbl1 inner join basededatos2.tabla2 tbl2 on tbl2.campo2 = tbl1.campo1, $conn1);
En mssql debería ser igual...en todo caso si no te funciona armate un archivo para probarlo en mysql, a ver si es algo que estás seteando mal o es que no lo soporta mssql (que sería raro).