Hombre lo que si es cierto es que hay más información sobre Apache que sobre IIS en cuento al tema de PHP (o al menos es mi impresión), aunque últimamente microsoft se ha puesto las pilas para mejorar el rendimiento de PHP en IIS, por ejemplo con
FastCGI.
Lo que tienes que tener en cuenta es que Apache lo puedes tener en cualquier SS.OO, si algún día cambias de servidor.. pues seguramente no tendrás problemas para migrarlo pero si usas IIS estás limitado a Windows.