Hola:
Ninguno de los IDEs es mejor que el otro, va sobre gustos. De todas formas, para empezar desde cero, te aconsejaría que hicieras, compilaras y arrancaras algunos programillas sencillos desde línea de comandos de ms-dos, con el notepad.
Aquí hay
un tutorial de java y mysql. En google encontrarás montones.
Se bueno.