No... no me refiero a las variables de sesion, me refiero a las cookies del lado del servidor, son cosas distintas amigo (aunque en funciones son muy parecidas):
http://www.turbozen.com/howto/serversidecookies/
Estuve revisando el codigo de los foros phpbb3 y utilizan dentro de su codigo algo bastante simple, más bien parecido a lo que yo puse en el comienzo del tema.
Se llama a la base de datos cuando fue la ultima actividad del usuario y luego se compara con los temas que se crearon luego de esta actividad... simplemente lo muestran como "temas nuevos desde su ultima visita" por decirlo asi, aunque hubiera preferido utilizar algo más bien para verificar las actualizaciones y no solo los topicos, pero como dice binagol, habría que crear una tabla para guardar cuando se entro por ultima vez en cada tema.
Saludos y gracias, creo que se puede poner como tema solucionado.