Pues a mi punto de vista migrar una Base de Datos hacía otra es pasar toda la información de tu BD original a otra BD, la razón de hacerlo es que pueda ser que necesites realizar ciertas operaciones que todavía no estan permitidas en tu BD actual, como por ejemplo los Procedimientos Almacenados sino estoy mal estan hasta la versión 5.x.x en las anteriores no, enotnces todo depende de que es lo que kieras realizar e implementar para hacer una migración de datos, y por supuesto siempre te va a traer uno que otro inconveniente, ya que si por ejemplo para algún query usabas algo como DATETIMESTMP puede ser que en la otra versión ahora se TIMESTMP por darte un ejemplo, espero haber kitado algunas dudas.
Saludos
