En efecto es mejor si guardas en una cadena, o en un arreglo los archivos a borrar y al final del proceso recorres el arreglo y llamas a unlink por cada entrada. Ten en cuenta que usar eval() es peligroso ya que pueden inyectar código como regla evita a toda costa el uso de eval(), siempre hay formas de hacer lo mismo usando código normal.
Saludos
