Es que la forma ideal para hacer tus scripts es:
1- Realizas comprobacion de sesion (solo si es necesario)
2- Tomas toda la informacion necesaria de GET, POST o SESSION
3- Verificas que todo sea correcto y, si es necesario, consultas la base de datos
En este punto, normalmente ya sabes si hay errores o no, si los hay, te brincas directo al paso 5 o redireccionas, mandas mensaje de error, etc., Si no hay errores, continuas al paso 4
4- Insercion o actualizacion en base de datos (solo si es necesario), envio de correo electronico, etc.
Aqui tambien puedes guardar cookies, sesiones, redireccionar, mandar mensaje o lo que sea que quieras hacer.
5- Muestras el contenido de tu pagina actual. Aqui
ya no puedes crear cookies, sesiones, ni redireccionar, aqui solo envias contenido.
Cita:
Iniciado por GatorV 
Puedes poner cookies en cualquier parte el chiste es manejar correctamente el buffer, por eso el ejemplo que deje usando ob_start().
Y, como dijiste antes, ob_start() no es la solucion mas elegante para hacer las cosas correctamente.