Mmm creo el problema esta en:
RewriteRule ^.*$ /index.php [NC,L]
Te esta redirigiendo a /index.php, si tienes uno en la raiz de tu webroot es el que va a usar, prueba usar la directiva RewriteBase para especificar el directorio o quita el slash / al frente de index para que busque en la carpeta.
Saludos
