Me parece que la solución no pasa por limitar x cantidad de cron por cuenta por que, por mas que limites un cron por dominio, con que ese solo cron esté mal programado o consuma mucho, ya será suficiente para desestabilizar el correcto funcionamiento del servidor.
Lo que debes hacer es permitir el uso de crons, pero detectar aquellos que consumen por demás y anularlos, avisando a tus clientes los motivos del mismo.
Saludos
