Si decompila mal el SWF no significa que este protegido, sino que hay decompiladores que no entienden completamente el codigo del SWF, sin contar que agrupan todo en diversas capas de forma aleatoria.
Si estaria protegido no lo decompila en absoluto.
Creo que te seria más facil que tu diseñador nuevo, imite el estilo de la web que te realizaron, que decompilar el SWF y tratar de arreglarlo. ( Te aseguro que si queres hacer un trabajo ordenado seria mejor. )
Sino, podes probar con el trillix
http://www.flash-decompiler.com/