Ten en cuenta que si usas rutas relativas en los includes, y para poner includes dentro de otros archivos que serán incluídos, etc. todas serán relativas al path del script primario, al que se hizo el request y que incluye a las demás. Por lo tanto, te sugiero trabajar con una constante BASE que te lleve a la raíz de tu sitio. Todos los includes entonces los haces relativos a la raíz simplemente añadiendo el BASE al path del archivo a incluir.
Por ejemplo, si tienes un archivo /codigo/otrasubcarpeta/archivo.php, tu constante deberá descender 2 niveles para llegar a la raíz:
Código PHP:
define('BASE', '../../');
Luego, para incluir un archivo /includes/funciones.php, colocas:
Código PHP:
include BASE . 'includes/funciones.php';
Si en funciones.php quieres incluir un config.php que se encuentra en el mismo directorio (/includes/) y global.php que se encuentra en el directorio raíz, pues pones:
Código PHP:
include BASE . 'includes/config.php';
include BASE . 'global.php';
Obviamente el valor de BASE dependerá del nivel en el que se encuentra tu archivo primario archivo.php. Otro punto es que esa constante sólo debe ser definida en los archivos primarios, osea aquellos que serán llamados directamente en el navegador.
