Cambiar Collation a toda la base , me puede traer problemas?

[@padawan@]

El tema es el siguiente, tengo una base de datos que trabaja con una pagina web, y me tira problemas con los caracteres especiales como las ñ y las vocales con tilde, primero probe de cambiar la codificacion de los archivos html pero no era solo ese problema, tambien era un problema de la base de datos, ya que este problema sucedio luego de hacer una migracion y hace poco me di cuenta que algunas tablas tienen collation distinto que la base es decir algunas tablas tienen moder_spanish y la base tiene latin1_bla bla y si yo cambio el collation name de toda la base con esta consulta:
ALTER DATABASE tubase COLLATE < collation_name >
me podra tirar algun error? en caso de ser asi podre volver atras normalmente haciendo un alter de vuelta pero al collation que tenia antes???

Espero puedan darme una mano.