Complementando lo que ya te respondieron.....
Como dice ZeroZen, si no hay nada vital en C: la formateas si no das como, usa el floppy como ya te lo mencionaron, sino cambia en el bios el orden de arranque de la pc para que busque primero en el CD-ROM, bueno una vez ya estando en MS-DOS y pudiendo usar el CD-ROM, ve a la carpeta de de win98 con el comando cd, una vez allí ejecuta(suponiendo que D sea la unidad de CD)...
luego de que haya hecho el formato haces lo siguiente...
Cita: creas una carpeta asi: C:\md windows; luego entras en ella con "cd" y ahi creas otra carpeta: C:\windows\md win98; luego de esto ingresas también a esta carpeta
Ya que hayas hecho todo esto se tienen que copiar los archivos de instalación al disco duro dentro de las carpetas que ya creaste, esto para que no te pida el CD cada vez que quites o pongas algo del sistema, y lo que sigue es esto:
Cita: C:\windows\win98>copy D:\win98\*.* con esto se copiaran todos los archivos cab para la instalación del win, cuando termine de copiarlos escribes: C:\windows\win98>instalar y luego das "enter"
Posterior a esto te aparecera texto diciendote que se instalara el sistema y nuevamente das enter y empezara la instalación. Ahora bien, te avisara que la carpeta de windows ya esta creada y que si quieres usar otra y te pondra más o menos esto:
C:\Windows.000 y le das que si quieres usar o crear otra no recuerdo bien que pone, y dejas solo:
C:\Windows y continuas la instalación normal.
Bueno ojala me haya explicado bien, sino ya sabes postea nuevamente
Un saludo y buena suerte!