Si te entiendo bien en el proyecto de eclipse especificas los jar a utilizar, al momento que ejecutas el proyecto, eclipse te "enlaza" esas librerias, al momento que la corres en ms-dos no existe ese enlace como tal tienes que definirlo tu mismo de la sig manera:
java -cp .;ruta_primer_jar.jar;ruta_segundo_jar.jar -jar miPrograma.jar parametro1 parametro2
ten en cuenta de agregar ';' entre cada libreria y agregar el punto (.), esta opcion agrega las librerias al CLASSPATH de java de manera temporal.
Existen otras maneras como al moneto de crear tu jar especificar las librerias a utilizar en el MANIFEST.mf, pero no se muy bien como hacerlo, aunque puedes preguntarle a san Google
espero esto te pueda ayudar