el auto_increment, que sólo puede usarse para primary keys, no sirve para tener una serie completa y perfecta, sino para generar un índice único de manera automática con números. El objetivo es conseguir un número distinto para cada registro. No importa que se borren algunos. No sé si usas tablas innoDB o MyISAM, pero lee lo que dice gnzsoloyo en este post sobre el tema.
http://www.forosdelweb.com/f21/int-a...rement-643584/
Como te dice helacer, puede hacerse, pero mira las posibles consecuencias de hacerlo (inconsistencias). Si lo que quieres es numerar los datos de una selección, podrás hacerlo con MySQL o con programación, pero no deberías hacerlo usando el auto_increment, que no sirve para eso.