Dale, es más rápido contar que programar eso?
Obviamente al hablar de iterar en los archivos y subdirectorios de tu sitio
jerkan se refería a que tu script haga la iteración, no tú
Abres del directorio... Mejor dicho, en tu script colocas la instrucción para que se abra el directorio, y luego haces que tome cada uno de los archivos y carpetas. A las carpetas que las vuelva a abrir (Ahí está la recursividad del proceso. Mete el código en una función de manera que tu script la ejecute para cada nivel de directorios
recursivamente o iterativamente); y a los archivos haces que tu script los abra usando file(), como ya te dijeron. Así tu script sabrá cuantas líneas hay en cada archivo. Obviamente para cada subdirectorio también deberá (tu script) leer las carpetas y directorios dentro de él e ir sumándolos, y así sucesivamente.