Pues te puedo decir que el formato .mkv, todavía no es mur comercial de ahí que algunas personas como que tienen ese tipo de archivos tengan problemas para reproducir los videos; ahora en teoría si podría ser que le falte memoria ram a tu pc, aquí te preguntaría que sistema operativo usas en tu máquina, ahora yo recomendaría 1 gb para arriba y es mejor si puedes 2gb para arriba; no mencionas si tu pc tiene trajeta de video, eso también te podría ayudar.
Te dejo algunos enlaces que te pueden ayudar al bajar reproductores matroska y/o códecs matroska que te pueden ayuda en algo.
http://www.matroska.org/ http://www.free-codecs.com/Matroska_Pack_download.htm