Creo que a lo que te refieres es a optimizar el codigo para reducir su tamaño dentro de la pagina.
Java script puede ser instalado en un archivo adicional asi como php utilizado en include files.
De todas maneras G lee paginas muy largas y encontrara el texto dentro del html sin problemas en paginas extensas.
Si te refieres a la validacion conforme a
W3C, la verdad a Google no le interesa en lo mas minimo.