Problema con directorios

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Hola a todos, como siempre agradezco de antemano a todos aquellos que se interesan en mis dudas y que tratan de ayudar.

Mi problema es el siguiente: Tengo un sistema creado en php; donde por cada usuario que se genera, se crea al mismo tiempo una carpeta para alojar sus archivos. El problema es que hace una semana migré el sistema a un servidor nuevo, hice un respaldo del anterior y luego subi los archivos, por alguna razon me faltaron 500 carpetas, y entonces para no generarlas una por una decidi hacer una consulta del usuario n-500 hasta n con el objetivo de crearlas; el problema es que la funcion mk dir me arroja el error "File exists" lo que significa que el directorio existe pero no puedo verlo... Alguien sabe a que se debe esto?

Gracias