Gracias por responder lo resolví metiendo la consutla de las subsecciones dentro del while y dandole como parámetro el id de la sección principal.
Gracias por la ayuda.
Código PHP:
<?php require_once('../Connections/cnx_bd.php'); ?>
<?php
include('../GetSQLValueString.php');
mysql_select_db($database_cnx, $cnx_bd);
$query_rds_secciones = "SELECT `tbl_seccion`.id_Seccion, `tbl_seccion`.nombre_Seccion FROM `tbl_seccion` WHERE (`tbl_seccion`.tbl_Seccion_id_Seccion = `tbl_seccion`.id_Seccion)";
$rds_secciones = mysql_query($query_rds_secciones, $cnx_bd) or die(mysql_error());
$row_rds_secciones = mysql_fetch_assoc($rds_secciones);
$totalRows_rds_secciones = mysql_num_rows($rds_secciones);
?>
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<link href="css/dropdown/dropdown.css" media="all" rel="stylesheet" type="text/css" />
<link href="css/dropdown/dropdown.vertical.css" media="all" rel="stylesheet" type="text/css" />
<link href="css/dropdown/themes/default/default.ultimate.css" media="all" rel="stylesheet" type="text/css" />
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<title>Documento sin título</title>
</head>
<body>
<h1>Ultimate Vertical Left-to-Right Direction Drop-Down Menu Demo</h1>
<ul id="nav" class="dropdown dropdown-vertical">
<?php do { ?>
<li><span class="dir"><?php echo utf8_encode($row_rds_secciones['nombre_Seccion']);?></span>
<ul>
<?php
mysql_select_db($database_cnx, $cnx_bd);
$query_rds_subsecciones = sprintf("SELECT tbl_seccion.id_Seccion, tbl_seccion.nombre_Seccion, tbl_seccion.tbl_Seccion_id_Seccion FROM tbl_seccion WHERE (tbl_seccion.tbl_Seccion_id_Seccion NOT LIKE tbl_seccion.id_Seccion) AND (tbl_seccion.tbl_Seccion_id_Seccion = %s)", GetSQLValueString($row_rds_secciones['id_Seccion'], "int"));
$rds_subsecciones = mysql_query($query_rds_subsecciones, $cnx_bd) or die(mysql_error());
$row_rds_subsecciones = mysql_fetch_assoc($rds_subsecciones);
$totalRows_rds_subsecciones = mysql_num_rows($rds_subsecciones);
do {
?>
<li><?php echo utf8_encode($row_rds_subsecciones['nombre_Seccion']);?></li>
<?php } while ($row_rds_subsecciones = mysql_fetch_assoc($rds_subsecciones)); ?>
</ul>
</li>
<?php } while ($row_rds_secciones = mysql_fetch_assoc($rds_secciones)); ?>
</ul>
</body>
</html>
<?php
mysql_free_result($rds_subsecciones);
mysql_free_result($rds_secciones);
?>