Hola mesoriginal,
Revisa el collation de tu base de datos, este tiene que acabar con los caracteres ci, para character insensitive, eso hace que el engine de la base de datos ignore si es minusculas o mayusculas.
Otra opción es buscar así:
Código php:
Ver original$query = "SELECT * FROM usuarios WHERE UPPER(usuario)=UPPER('$user') LIMIT 1;
Saludos
