Hola!!!
También encuentro que es buena idea agrupar sólo los archivos necesarios.
Inspirándome en java, ideé (no se si existe) una organización de packages (agrupándolos en carpetas) usando un autoloader. Sería una cosa así:
Primero creas una carpeta sólo para las clases. Ejemplo: 'lib'
Después ubicas todas las clases escenciales en una sóla carpeta: Ejemplo: 'System' y ahí ubicas la clase, por ejemplo, Sitio.php.
quedaría de la siguiente manera:
lib/System/sitio.php
Creamos una función para cargar las clases automáticamente:
Código PHP:
funcion cargarClases($path){
while($archivos = readdir($path)){
if(eregi(".php",$archivos))
require_once($path."/archivos");
}
}
Despues creamos la función import() que utilizará cargarClases() para importar nuestros "paquetes". Nótese que $libpath está declarada de forma global. Lo hice así para que pueda ser leído desde cualquier parte ej. un archivo de configuración.
Código PHP:
$libpath = "lib";
function import($package){
global $libpath;
cargarClases($libpath."/".$package);
}
y la forma de implemenntarlo sería
Código PHP:
<?
require_once("archivo_con_el_script.php");
import("System");
/* Resto del código */
?>
Espero que sirva... Lo hice sin documentación y sin probarlo, así que pueden existir errores. Si es así, notifíquenmelo para corregirlo
Saludos!!