Primero deberías se un poco más claro respecto de qué errores son los que tira. Sin indicarnos cuales son los mensajes que se producen, las razones del error pueden ser múltiples, desde diferencia de versiones a errores de sintaxis en los triggers.
Pero de todos modos, anticipándome a una posibilidad, debes asegurarte que las funciones donde leas y escribas sobre tablas, contengan antes del BEGIN una línea que diga
MODIFIES SQL DATA o bien
READS SQL DATA (ver manual de referencia:
19.2.1. CREATE PROCEDURE y CREATE FUNCTION.
Hago esta salvedad la hago porque las interfases (consola o MySQL Query Browser) aceptan y ejecutan el código sin estas cláusulas, pero cuando realizar backups la restauración falla.
Fíjate si ese es el caso.