Tienes toda la razón, ahora me aparece el prompt pero al ingresar un numero me queda en NaN
Código PHP:
echo " <td><label><input name='perfo_res' type='text' id='perfo_res' onfocus=\"this.value=parseInt('this.value')+parseInt(prompt('Valor:'))\" value=".$row['perfo_res']." /></label></td>";