Eso esta en el top 10 de los "que no hacer" en PHP, se llama hardcodear y esta muy mal...
Tenes que cerrar el php y hacerlo en texto plano.
Código PHP:
<?php
if(algo...) {
?>
<table border = '0' cellpadding = '0' cellspacing = '0' width = '600'>
<tr bgcolor=#006699 width=50>
<td><font color='ffffff'><b>Proyecto</b></td>
<td><font color='ffffff'><b>Carpeta</b></td>
<td><font color='ffffff'><b>Contenido</b></td>
<td><font color='ffffff'><b>Comentario</b></td>
</tr>
<?php
do {
$r=$cottador%2;
if($r==0)
{
?>
<tr bgcolor=#DFDFDF width=50>
<td><?php echo $row["proyecto"] ?></td>
<td><?php echo $row["carpeta"] ?></td>
<td><?php echo $row["contenido"] ?></td>
<td><?php echo $row["comentario"] ?></td>
</tr>
<?php
}
else
{...................
?>
Se entiende como seria? no importa cuantas veces abras y cierres el codigo, papas son papas y batatas son batatas...
En que sentido se deforma la tabla? Proba poniendo anchos en los TD, y que la suma coincida con el de la tabla.