Intenta reemplazar tu codigo por este (Aunque que raro que no funciona con trim):
Código PHP:
<?php
$letras = array();
$direcciones = array();
$file = file('direcciones.txt', FILE_IGNORE_NEW_LINES);
foreach($file as $linea) {
$var = explode(",", $linea);
$letras[] = $var[0];
$direcciones[] = $var[1];
}
$letras = implode(",", $letras);
$direcciones = implode(",", $direcciones);
?>