Entonces prueba asi, asi si tiene que funcionar:
Código PHP:
<?php
$letras = array();
$direcciones = array();
$file = file('direcciones.txt', FILE_IGNORE_NEW_LINES);
foreach($file as $linea) {
$var = explode(",", $linea);
$letras[] = trim($var[0]);
$direcciones[] = trim($var[1]);
}
$letras = implode(",", $letras);
$direcciones = implode(",", $direcciones);
?>
Parece que la bandera FILE_INGORE_NEW_LINES no funciona del todo bien.