en php-nuke para evitar el accceso a los archivos de config del servidor pone esto en todos antes de empezar
Código:
if (stristr(htmlentities($_SERVER['PHP_SELF']), "config.php")) {
Header("Location: index.php");
die();
}
Donde config.php sería tu funciones.php
Realmente lo que hace este codigo, es comprar si estan hacediendo directamente a tu fichero, es decir, tudominio.com/funciones.php
Salu2.