Tienes dos métodos:
1) guardar en tu base de datos en un campo tipo VARCHAR o similar SOLO la ruta de donde quede ubicado el fichero adjunto que lo enviaran a traves de X formulario de envio.
Un tutorial al respecto:
http://www.phpbuilder.com/columns/william19990908.php3
(está orientado a imagenes solo .. pero la técnica es la misma para cualquier tipo de archivos).
2) guardar integramente el fichero .xxx en formato binario en la base de datos en un campo tipo BLOD
Un tutorial:
http://www.devarticles.com/art/1/68
Y .. como base de teoría .. ambos metodos usan el "file upload" de PHP (técnica):
mas info sobre PHP "file Upload":
http://us.php.net/manual/en/features.file-upload.php
(y en las FAQ's de PHP tienes un ejemplo de uso ...)
Como observación ...
El método 2) .. guardar todo el binario en la base de datos .. ralentiza el uso de esa tabla que contenga esos documentos (sobre todo a la hora de implementar buscadores) .. Consume mas recursos de Mysql ... El método 2) solo guardas una referencia del URL donde se encuentra el documento en el sistema de ficheros del servidor ..
Un saludo,