Hola Luis,
Si bien coincido con mis compañeros en que es extremadamente molesto tu filtro de "solo IE" (pues yo tambien trabajo en linux), no creo que esa sea la causa del problema.
Ingresé a tu sitio identificandome como Googlebot con el comando "wget
http://www.tuflete.com -U Googlebot" y pude comprobar que tu web es accesible para Google.
Acabo de entrar mediante firefox identificandome como IE y funciona perfectamente. Tu filtro no es más que un insulto al 20% de tus usuarios... por lo tanto estas perdiendo clientes, visitas, y aún posicionamiento (cada visita perdida es un link potencial desperdiciado). Te recomiendo quitar ese filtro urgentemente.
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Volviendo al problema, si realmente el tema son las urls canónicas, entonces puedes utilizar el meta tag rel canonical para decirle al robot que cada url es realmente distinta a las demás.
para ello, inserta en el head de tus html el siguiente código:
Código:
< rel="canonical" href="http://www.example.com/product.php?item=swedish-fish">
asegurandote que cada página imprima en el href su url completa. Hay más explicaciones sobre el funcionamiento en el link que te dejé al blog de google.
Por otra parte, las urls que te está borrando carecen de contenidos relevantes, ya que no creo que nadie busque cosas "detalles de la carga #2244" en google... Realmente esas páginas carecen de importancia... No creo que el tenerlas en el índice de Google o no aporten algo al sitio, por lo que creo que el problema no es en realidad un problema.
Te recomiendo que pienses un poco más en tus usuarios y un poco menos en el robot. Deja que te borre las páginas irrelevantes, y centra tus esfuerzos en los usuarios. Comenzando por darnos compatibilidad a todos aquellos que no queremos o no podemos usar un navegador específico solo para poder ver tu sitio.
Te sorprenderá lo bueno que será para tu negocio pensar un poco más en la accesibilidad y en la usabilidad. Y estas cosas a fin de cuentas siempre terminan ayudando al posicionamiento.
saludos!