Hola Facundo,
Voy a responder a cada parte de tu planteamiento, a veces con una pregunta, si me lo permites.
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Iniciado por facundocorradini 
Hola Luis,
...tu filtro no es más que un insulto al 20% de tus usuarios... por lo tanto estas perdiendo clientes, visitas, y aún posicionamiento (cada visita perdida es un link potencial desperdiciado). Te recomiendo quitar ese filtro urgentemente.
Tengo esto en cuenta. Estoy trabajando para corregir lo que no funciona en algunas páginas que usan Ajax. De verdad, perdona el insulto.
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Iniciado por facundocorradini
Volviendo al problema, si realmente el tema son las urls canónicas, entonces puedes utilizar el meta tag rel canonical para decirle al robot que cada url es realmente distinta a las demás.
para ello, inserta en el head de tus html el siguiente código:
Código:
< rel="canonical" href="http://www.example.com/product.php?item=swedish-fish">
asegurandote que cada página imprima en el href su url completa. Hay más explicaciones sobre el funcionamiento en el link que te dejé al blog de google.
Con respecto a esto voy a trabajar, aunque nunca había leido sobre < rel="canonical".
Yo estuve analizando la posiblidad de usar un filtro ISAPI para IIS con la finalidad de darle a las URL un aspecto "amigable", del estilo
http://www.sitio.com/camion_valencia_kodiak_4399.html http://www.sitio.com/camion_caracas_ford_4439.html
Luego crear un sitemap indicando a google este tipo de URLs
¿Crees que usar esto podría también hacer que se indexen nuevamente?
Cita:
Iniciado por facundocorradini
Por otra parte, las urls que te está borrando carecen de contenidos relevantes, ya que no creo que nadie busque cosas "detalles de la carga #2244" en google... Realmente esas páginas carecen de importancia... No creo que el tenerlas en el índice de Google o no aporten algo al sitio, por lo que creo que el problema no es en realidad un problema.
En este tema te comento que las páginas de detalles si son relevantes, aunque tal vez el título no sea el más apropiado, el contenido es definitivamente muy variado e interesante para la indexación.
Cuando realizas una búsqueda en google de "laptop dell", lo más probable es que te aparezca una página de "detalles" de mercadolibre.
Muchas gracias,
Luis