Pues son varias dudas, la primera, los modulos son para un solo sitio web para que tengas diferentes modulos o aplicaciones en el mismo sitio web.
Lo otro es perfectamente posible, con Apache crea un Alias de una carpeta, o en dado caso en tu PHP puedes especificar el include_path, establece el Path a la carpeta donde este el Core de Zend y así no tienes problemas.
Saludos
