Que tal Fernando,
La idea es que tu sitio / sistema esté organizado por módulos independientes / semi-independientes del estilo:
- módulo "usuarios" - que manejará el login, registro, etc
- módulo "admin" - para los administradores del sistema
- módulo "productos" - para mostrar tus productos
- etc
Lo ideal sería que, si tus módulos están "desacoplados" de depender de otros módulos / partes, podrías llevar un módulo a otro sistema y este seguir funcionando cambiando alguna particularidad en los archivos de configuración.
Ese es el ideal.
