Planificación de base de datos de gran tamaño

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Hola! saludos a todos. Estoy por emprender un proyecto PHP+MySQL de una escala bastante grande y me encuentro con una duda. Les cuento:
Es un servicio web que apunta a empresas (clientes) que manejarán mucha información interna, y estas empresas tienen varios usuarios.

Y mi duda es con respecto a las bases de datos, porque si hago solo una DB, tendría mucha información compartida.

En cambio si hago una base de datos por cada cliente, haciendo un script que instalaría una base de datos por cada uno de forma automática. El problema de esto lo veo en las actualizaciones, también tengo que preparar scripts para que modifique la estructura sin tocar una a una de las tablas.

Pienso en el Wordpress y lo veo de esta manera, cada persona con sus post y sus categorías que no tienen por qué estar en el wordpress de otro.

Alguna sugerencia u opinión? sé que la segunda no es tan imposible, lleba mucho trabajo, pero quería saber cómo debería encararlo realmente asi. Si es que está bien.

Muchas gracias!