Cita: El contador lo coloque en la ventana flotante, y es una tipica consulta a la BD que verifica el No. de visita y a ese número le agrega una entrada y la guarda.... pero el problema es que este contador se incrementa con solo abrir la página (aunque el usuario, no abra la ventana emergente.)
El codigo PHP se ejecuta independientemente de que la ventana flotante este o no visible.
Creo que para lo que quieres es mejor usar AJAX.
Asi cuando abran la ventana llamas a una funcion que utilice AJAX para aumentarle 1 al contador.