Cita: me pareceria bien en javascript porque mi pagina de registro la tengo en html
Pero la pagina que procesa el registro es PHP, y de todos modos para procesar el codigo PHP este tiene que pasar por el servidor.
Puedes hacerlo solamente con Javascript, pero yo te recomiendo ambos. Si el usuario entonces tiene Javascript desactivado seria un problemita.
Para hacerlo con Javascript, toma el value de los campos y comparalos
if(document.getElementById('campo1').value == document.getElementById('campo2').value) {
//son iguales
}