Carga Apache

[lmaestro]

Como bien comenta sysdebian, es necesario revisar diferentes puntos para asegurar una buena optimización.

Sobre tu caso:

¿Que tipo de aplicación corren tus webs? Seria necesario ver si hay algun tipo de problema con las consultas/estructura de MySQL Normalmente, los sitios web "homemade" son mas propensos a tener problemas con optimización SQL.
¿Cómo esta configurado Apache? Los módulos cargados, las opciones en los keepalive, maxclients, el MPM usado, todo ello es información necesaria para establecer si algo esta fallando.
¿El sistema usa memoria SWAP?
¿Han comprobado las peticiones servidas usando mod_info? ¿Los slow-querys de SQL? Un show processlist; también puede ayudar a ver que es lo que esta ocurriendo en MySQL en los momentos de máxima carga.

Un saludo!