Los motores MyISAM ye InnoDB tienen comportamientos disímiles en cuanto a los AUTO_INCREMENT. Esos detalles se aclaran fácilmente cuando consultas el manual de referncia (
3.6.9. Utilización de AUTO_INCREMENT)
Además de ello, debes leer:
14.1. El motor de almacenamiento MyISAM donde dice:
Cita: El tratamiento interno de una columna AUTO_INCREMENT por tabla. MyISAM actualiza automáticamente esta colunmna para operaciones INSERT y UPDATE . Esto hace las columnas AUTO_INCREMENT más rápidas (al menos 10%). Los valores iniciales de la secuencia no se reúsan tras ser borrados. (Cuando una columna AUTO_INCREMENT se define como la última columna de un índice de varias columnas, se reúsan los valores borrados iniciales de la secuencia.) El valor AUTO_INCREMENT puede cambiarse con ALTER TABLE
15.6.3. Cómo funciona una columna AUTO_INCREMENT en InnoDB
En esencia, una de las cosas que notarás es que comprender la diferencia de comportamiento entre los tipos de tabla es fundamental antes de realizar la elección de tipo de tabla. De lo contrario los resultados pueden no ser los esperables.