También puedes sustituir los <br /> por el caracter de salto de línea '\n'. Sería así:
Código PHP:
$salida = str_replace("<br />","\n",$salida);
Con esto cambias los <br /> con saltos de línea. Aunque yo suelo hacerlo al reves, en base de datos tengo el caracter \n, ya que sería lo que introduciría un usuario y luego lo cambio para mostrarlo. De esta manera no tengo problema con los <br />